在完成部队组建之后，最重要的就是明旗帜，确定各个部队的标识。
与现代军队不同，当代多在同一军旗之下上述部队番号以确定军队旗帜，通过不同旗帜确定军队编制，以利于战场识别。
戚继光《练兵纪实》在选编部队之后，最初明确的就是旗号，以戚家军为例，按照营（相当于现代一个旅）、部（相当于团）、司不同，分别用黄红青黑白五种不同颜色来代替，只不过对应的参照物则分别为旗心、旗边、旗带来代替，再在上面上书所部番号。
如中军中部中司为黄心、黄边、黄带，那黄心就代表该营（编制相当于旅，但只有三千人，比旅少）为黄色，黄边代表该部（编制相当于团，但只有千人，比团少）黄色，黄带代表该司（编制相当于现代营，约五百人，与营相当）为黄色。
在同部不同司，代表营（旅）的黄心、代表部（团）的黄边相同，再通过不同飘带代表不同司的颜色，如此类推中军中部前司，其旗帜颜色当为黄心黄边不同颜色的绶带以区分司的不同。
除了用颜色不同来区分部队编制之外，更用不同大小高度旗帜区分将领，在《练兵纪实》规定营将（旅）旗帜长六尺，放在一根长约一丈五尺的旗杆上。
千总旗帜长四尺，放在一根长约一丈二尺的旗杆上。
把总旗帜长约三尺，放在一根长约一丈一尺的旗帜上。
这是营（旅）部（团）司（营）的旗帜区分，对司（营）以下，则完全不同。
百总（连）有旗一面，身方二尺，挂在九尺高的旗杆上，其旗心旗边旗带分别对应所在部队的营（旅）部（团）司（营），而通过上面字体区分不同局（百总），如振勇、振武、威勇、武勇代表不同局（相当于现代连）。
在局（连）以下，旗总（排长）背一面二尺五寸长旗帜，插在三寸的旗杆上，上面书写所在哨旗
而队总（班长）则通过头盔上盔旗进行区分，上面也书写所在哨旗。
这是古代军队区分方法，现在里兵由过去一局（连）扩编为一司（营），兵马增多，很多人不熟悉，为了加强军队需要明确旗帜，以进行区分。
在大明以红色为尊，再加上前世个人对旗帜感情，杨麟将红色定为自己主将旗帜，在上面绣上红色的镰刀铁锤以代表里兵最主要依靠力量为农民与工匠，再绣上红色飘带，通过黄旗黄色镰刀铁锤与黄带代表所在司。
各局（大队，相当于连）则不同书写字体颜色代替，如杨麟亲率的神枪大队则上书红色的神枪大队，杨威的强弓大队则上书黄色的强弓大队，龙之帧的劲弩大队则上书蓝色劲弩大队，以区分不同局（大队）。
局以下中队长与过去旗总一样，需要背一面小旗作战，小旗上面旗心颜色、旗边颜色、字体颜色与大队相同，与其他中队最大不同就是旗帜颜色，如第一中队为红色，第二中队黄色，第三中队蓝色。
小队长与过去小旗一样，通过盔旗识别，如第一中队第一小队，则为红底红边红带，第一中队第二小队则为红底黄边黄带，第一中队第三小队则为红底蓝边蓝带。
除此以外，还对兵丁进行识别，所有兵丁都在号衣左胸上绣所在部队番号，如第一神枪局，第二强弓局，第三劲弩局。
兵丁头盔通过绣带识别，绣带颜色与小队长（小旗）颜色一致，如小队长盔旗为红底蓝边蓝带，那么头盔上绣带就以红为主，杂着少量蓝色飘带。